等巡行到广宁，已过了三天，廷弼就用大字写了白牌，封了剑，派使节前去斩杀城隍神，使节还没到，就见风雷大作，暴雨如注。
辽东人以为他为神明，熊廷弼在辽东的几年时间里，杜绝送礼，核查军情，审查大将小吏，绝不姑息养‘奸’，辽东的风尚、纲纪为之大振。
熊廷弼在南畿为督学，纪律严明，很有声望。后来因为‘棒’打生员致死一事，与巡按御史荆养智相互在奏章中攻击。荆养智递上奏章弃职而去，熊廷弼也因听候核查回家乡去了。
当年的奴尔哈赤已成一国之主，不再是贪得宽甸六堡之一块小小地方了，而是破关入边，已经谋取了开铁，下一步是要猎取辽沈了，这可是辽东的重心所在之地。最成问题的是明朝在辽东的防御废弛，已难以抵挡后金的冲击。
熊廷弼尚未离来京师半步，开原已失的奏报已经抵达。熊廷弼经略辽东的第一步就是上疏皇帝，阐明收复开原的必要‘性’。他说：”辽左为京师肩背，‘欲’保京师，则辽镇不可弃。河东，辽之腹心也；开原，河东之根柢也。今开原破，清河弃，庆云掠，镇西围，铁岭数城人逃亡尽矣。独辽阳、沈阳为河东孤立，而昨杨镐奏沈阳民逃军亦逃，辽、沈何可守也？然不守辽、沈，必不能保辽镇，不复开原，必不能保辽、沈。”
熊廷弼提出他的主张，乞速遣将士，备刍粮，修器械，就是调兵发饷制造武器三件事。熊廷弼还针对此时朝廷中非常厉害的党争，向万历皇帝恳请：毋窘臣用，毋缓臣期，毋中格以沮臣气，毋旁挠以掣臣肘，毋独遗臣以艰危，以致误臣，误辽，兼误国也。就是说不要节制我的费用，不要延误我的时限，不要用一般的规矩来使我沮丧，不要从旁阻挠来掣我的手肘，不要把艰危只给了我一个，大家不关于心，以至于误了我，误了辽东，并且误了我大明朝。
熊廷弼的奏章递上去以后，因为有赤胆忠诚的恳求，多年不理朝政而近期又有病魔缠身的万历皇帝，全部允准了其请求，并特赐给尚方宝剑以加大他的权力。
先是内阁首辅方从哲竭力乞请万历皇帝令熊廷弼星夜出关，说有了熊廷弼对付奴尔哈赤，庶可遏其长驱之势，而边事犹可为也。
赴任之前，熊廷弼入宫陛见，国子司业张鼐疏谏简选京营三千‘精’兵随行，实际仅得一半兵力。熊廷弼刚出山海关，得到铁岭又失守了的奏报，沈阳和其周边的军民一时间全都逃跑了，就是辽东都司辽阳一带地区也是人心不安。熊廷弼听后，催军急进，日夜兼程赶赴辽阳。那沿着驿道上逃难的辽东百姓，纷纷攘攘，络绎不绝，扶老携幼，把能带的家产都带上，令人可怜。
熊廷弼见此悲情惨景，跳下战马来，用好话去抚慰他们，让他们随军回到辽阳，不必惊慌。于是难民们便随熊廷弼前行，各自返回辽东家园。熊廷弼在辽东人民中很有威望，他到辽东的消息一传开，逃难的人民开始减少，人心也开始得到了安定。
八月二日，熊廷弼抵达辽东首府辽阳，第一件事就是将前辽东经略杨镐先逮捕，后押送进京下狱。当天，熊廷弼召见了辽阳城的全体文官，除了在辽阳任职的文官外，还有开原道佥事韩原善，分守道佥事阎鸣泰等人，商议辽东军国大事。熊廷弼决心整顿辽东各支军队，以挽回辽东的局势，于是采取了一系列措施。
八月三日，当看到驻扎辽阳的军队军容不整，士气低沉，训练希松散‘乱’得不成样子，实在不像话，顿时气得火冒三丈。首先，熊廷弼将总兵官秉忠喊来，申斥了一番，命令他连夜整治军队，违命立刻斩首。为了整肃辽东军纪，起到杀一儆百的效果，将以往辽东战事之时，临阵脱逃的将领带来，这些飞‘毛’‘腿’将军跪在熊廷弼面前，闭口不言。
熊廷弼一见，怒上加怒，大喊道：“来人，捆绑起来！”
那些人吓得两‘腿’打颤抖，熊廷弼又问道：“你们，叫什么名字？为什么逃跑？难道不知道大明律和军规？”
“末将王文鼎，是铁岭的新兵游击。”
“末将王捷，是开原游击。”
“末将刘遇节，大明朝游击将军。”
熊廷弼听了，气得胡子都翘起来了，说道：“你们三个都是胆小鬼！还敢自称游击将军，不杀不能平民愤！不杀对不起战死的将士！”
熊廷弼说完，遂请出尚方宝剑，喝令道：“来人，拉出去，斩了！”
中军卫兵将他们拉出去，让刽子手砍下他们的脑袋，送到各营里去游行示众。之后，并将他们的首级来祭奠在抚顺、清河、萨尔浒、开原、铁岭等地战斗中死难的将士和百姓。
第二天，熊廷弼用辽东经略的名义发了几张布告，晓谕辽东人民安心生产，照常经营，不要惊慌失措，如有‘私’造谣言，扰‘乱’人心的，一经查到，立刻斩首。这时，辽阳城军民，人人慑服，个个感恩，辽阳城‘混’‘乱’的局面基本改变。
接着，有人来告发说：“辽阳城的军需官陈伦，贪污军饷，把军马的草料送到市场上去出售等。”
熊廷弼命人将陈伦喊来问：“你老实将贪污军饷、马料之事，快快招来。”
经过熊廷弼仔细查问，陈伦只得老实‘交’代，承认了事实。熊廷弼当即宣布道：“游击陈伦贪污军饷三千二百四十两，拉出去斩首，示众！有贪‘淫’如伦，法无赦。”
贪官陈伦被处死以后，辽阳军中一片叫好声，士兵们公开嚷着说：熊经略来了，官兵有饷，战马有料，咱们再也用不着逃跑了。
熊廷弼初到辽东，既得了民心，也得了军心。接着，他着手整顿了防务，当即督率士兵到教场，日日‘操’练；制造战车火炮，修理火器；增加和加固城墙。在辽阳、城外挖掘深沟壕堑，以阻挡后金军靠近城墙，又派出官员到各处检查、督促，并慰问将士。