十一月初九日，崇祯皇帝下旨，命削崔呈秀籍，追夺告身。当时已归蓟州的崔呈秀，已知魏忠贤自尽之事，明白大势已去，也上吊自杀。
十一月十七日，崇祯皇帝下令在浣衣局掠死客氏，逮捕其子侯国兴。
到了崇祯元年正月，崇祯皇帝又下令对这3位罪魁祸首进一步加重处罚，结果是魏忠贤之尸被寸磔，斩崔呈秀的尸体于蓟州，又斩客氏之尸。
魏良卿、侯国兴被立即处斩弃市。其家属也受株连，不分老幼，满‘门’抄斩。据说当时被押赴刑场时，有的孩子还熟睡在母亲的怀抱之中，不知祸之将至。
清算的范围越来越大。在魏忠贤时代‘春’风得意的那班人所共知的骨干分子，纷纷落马。
内阁首辅黄立极在这年年底被罢免。部院大臣中先后被罢的有周应秋、张续我、孟绍虞、田吉、阎鸣泰、刘绍、苏茂相、杨梦衮、孙杰、孙贞、薛凤翔、刘廷元、吴淳夫、李夔龙等。
锦衣卫等一些重要部‘门’也被大换血，田尔耕、孙云鹏、张凌云、陈大同、梁梦寰、白太始、魏抚民、李永贞、李实、涂文辅、王国泰、崔应元、王莅民、魏持衡等等，也先后被罢。
其余如巡抚单明翊、朱童‘蒙’，提督刘志选等也先后被革职。
在大批罢免魏氏党羽的同时，崇祯皇帝还做了一些其他的事。如他下令召回诸边镇的镇守中官，使宦官不能再拥有兵权。不久。他又下令宦官非奉命不得出宫‘门’，让宦官失去‘交’接外廷的机会。
不过到了后来，这位痛恨宦官的皇帝，竟然又重新倚靠宦官，看来宦官还是皇帝唯一靠的住的人马，不可不少啊。免去那些在天启朝被逮捕处死官员的赃款，释放他们的家属。
天启七年的十二月，崇祯皇帝为了选拔内阁大学士，竟然用了‘抽’签的办法。他先是把九卿科道诸官员召入乾清宫，并把候选人的名单做成签条放入金瓯，然后焚香肃拜，依次从金瓯中拿出签条，被‘抽’到的就算是入阁。
依此法第一批被‘抽’到的依次是钱龙锡、李标、杨景辰、来宗道。后来大家觉得入选者太少，崇祯皇帝便又从瓶中‘抽’出两签，周道登、刘鸿训两人被‘抽’中。这6人便被任命为礼部尚书兼东阁大学士，参预机务。
选拔内阁大学士这样的最高级官员，崇祯皇帝竟然要用‘抽’签的办法来决定！这不仅反应了这位年轻皇帝对朝廷大臣结党营‘私’的做法深怀戒心，也反映了他为政方面的特‘色’。
不久，崇祯皇帝迎来了用自己的年号命名的时代，即崇祯元年。这位年轻的皇帝，将在这新的一年中，如何来中兴他那步履艰难的帝国呢？
同时，崇祯起用了一批被罢斥的东林党人，于是双方联合起来，对魏忠贤集团进行清洗。
天启年间制定的《三朝要典》就像是一个紧箍咒罩在东林党的头上，东林党人上台后，第一件事就是为自己洗涮罪名，进行翻案。
然而《三朝要典》是天启钦定的史书，书中还有御制序，想要毁掉就等于否定了先皇的结论，因此也不是一件容易的事。
崇祯元年起，朝臣围绕着《三朝要典》的存废展开了‘激’烈的争论。崇祯最初对销毁《三朝要典》持审慎态度，随着越来越多与魏忠贤有关系的人被揭发，崇祯感到有必要进行一次大换血，这样就与《三朝要典》存在广泛的矛盾。
崇祯在落实一朝天子一朝臣方面的志向越来越大，他的目标不再是拔出萝卜带出泥，而是要将这棵萝卜连同他周围的泥土一同铲去。
五月，崇祯下令销毁《三朝要典》，并对相关史书进行了修改，扫清障碍。
经过一年多的调查，在东林党人主导下，有关报部‘门’报了三次名单，都被崇祯打了回去，原因是名单人员太少。直到第四份名单呈上，崇祯才感到满意，三月十九日，崇祯公布了钦定逆案名单。共七类二百五十八人。
分别是：首逆同谋六人，结‘交’近‘侍’十九人，结‘交’近‘侍’减等十一人，逆孳军犯三十五人，谄附拥戴军犯共十五人，结‘交’近‘侍’又次等一百二十八人，祠颂四十四人。前两类人的处罚是论斩；第三类人遣戍；后四类遭罢黜或赋闲在家。
魏党遭到了毁灭‘性’的打击，东林党梅开三度，再次兴盛起来。
虽然绝大多数人持肯定态度，但这件事情的负面作用也是显而易见的，溜须拍马屁为官场上的常事，也要惩处，再说建生祠是经过天启皇帝首肯批准的，以此为罪名是不妥当的。
当时就有学者对此作出了准确的评论：此何等而草草罗入，致被处者屡思翻案，持局者日费提防，纠缠不己，逆案翻而宗社墟矣。此当局者之咎矣。明朝从此陷入了翻案与提防翻案的又一大政治内讧中。
当时明朝正值多事之秋，内忧外患不断，此次政治清算运动，使官员们的注意力都转移到政治斗争上来，人心不稳，影响了治国整军。
总之，崇祯清算运动打击面之大，涉及人员之多，历时之长，涉及人员职务之重，史所罕见，犯了扩大化的错误，消极影响深远。
对魏党的过度打击反映了崇祯统治经验的缺乏和‘性’格极端的一面，这个年代，皇帝并不能像开国皇帝一样实际控制一切，下面的大臣分成两派无疑比一派更为有利，何况皇帝是具有随时可以令其中一派倒台的裁决权力的。
此时，年轻的皇帝还是不如一些官场老手，那位首先跳出来弹劾崔呈秀的云南道御史杨维垣，就曾经力主魏案只诛杀首要的十几个分子，同时竭力阻止东林党人复出。用他的话来说，就是东林党人与魏忠贤、崔呈秀等人也差不多，都是邪党。不能因为魏忠贤主持局面、迫害过东林党人，就能证明东林党人不是‘奸’党。东林党这个前朝钦定的案子不能翻！
魏忠贤这个人由于他和控制舆论的文官集团的矛盾，他的坏处被无限放大了，其实，魏忠贤在事关国家存亡的大事上，还是很讲原则的，也有贡献的，历史上，在魏忠贤掌握权力的时期，国家的安全状况比这前后两个时期都要好。但这不能说其功劳可以抵消罪恶。
东林党太过傲慢，惟我独尊，为垄断朝政，不惜把齐浙楚三党‘逼’上了绝路，这才导致了他们纷纷投靠魏忠贤，没有他们这些当时高素质人才加入，魏忠贤一个人加上一个天启皇帝只怕也搞不出如此之大的动作来。在治理国家方面，除了开出已经不符合现实社会的道德处方，东林党可以说是毫无贡献，尤其是在国家急需要财税的这个年代，除了拼命反对加税，毫无作为，此外在辽东，东林党人袁应泰和王化贞掌权时期是就制造了辽东三大灾难中两个，东林党属于治国无能而嘴巴天下无敌。