况且泰昌皇帝要服‘药’时，不仅方从哲在场，其他大学士如刘一燝、韩爌，尚书周嘉谟、李汝华，‘侍’郎孙如游，都御史张问达，给事中杨涟，英国公张惟贤等人也在场，服‘药’之事，众目共睹，没有什么可说的。
或许正是出于大局安定方面的考虑，首辅方从哲决定承认既成事实，不去无限上纲，追究什么责任。开始时，他拟旨给那位进丹‘药’的李可灼白银五十两，算是奖励，同时息事宁人。但很多人对这种处理很不满意。御史王安舜首先弹劾方从哲，说他先是轻荐狂医，后又赏其银两，自掩罪行。方从哲无奈，只得重新处理，改罚李可灼俸禄一年。不久，御史郑宗周弹劾那位进泻‘药’的崔文升，要求把他移送法司治罪。方从哲认为此举太过，便改由司礼监处理。没想到此举引起了朝臣的群起攻击。
御史马三元、焦源溥、郭如楚，给事中魏应嘉、太常寺卿曹珖、光禄寺卿高攀龙、主事吕维祺等等，纷纷上书，说崔文升、李可灼罪该万死，而方从哲竟然徇情包庇，国法何在？给事中惠世扬则撕破颜面，直言方从哲有十大罪状，可杀三次。在这种情形下，方从哲再也无法在首辅的位置上呆下去了。
工科右给事中惠世扬弹劾大学士方从哲十罪：独相七年，妒贤妒能；骄蹇无礼，失误哭临；梃击青宫，庇护党‘奸’；恣行‘胸’臆，破坏丝纶；纵子杀人，蔑视宪典；沮抑官僚，蔽塞耳目；陷城失律，宽议抚臣；马上催督，致丧全师；徇情罔上，鼎铉贻羞；代营诸税，蠹国殃民。又劾方从哲无君者三，一为徇郑贵妃；二为受美珠‘欲’封贵妃；三为代崔文升脱罪。天启皇帝以惠世扬轻诋斥责。
到十二月份，首辅方从哲经六次请求，最终获准致仕。此前，万历四十四年起兵部尚书理部事的黄嘉善，九月二十七日已经以病致仕。
方从哲的时代结束了，他从万历之末开始独秉朝政，至今仍有不少人认为，方从哲要对这一时期的所有过失，甚至明朝的灭亡，负主要责任，其实，这多少有点委屈。
方从哲作为内阁首辅，自然要对当时的许多事情负责，但不应负全部责任。方从哲之后，东林党人一度纷纷掌权，在朝廷中占有相当的优势。
奴尔哈赤在攻击抚顺明军营地失败后，回到界藩城，发现军队数量只有六万出头，而且全国余丁也只有两万七八出头，军队难以再支撑连续作战的损耗，经过一个多月的考虑，最后决定实施大规模的改革运动。
改革主要是继续巩固自己的权力，增强后金军的战力及持久作战能力。首先是重新划分八旗。
将三十八岁的儿子代善控制的五十一个牛录两红旗改为只控制正红旗，牛录数为满员的二十五个。
将三十四岁的儿子莽古尔泰控制的正蓝旗由二十一个增加到满员的二十五个。
将十九岁的儿子皇太极控制的正白旗仍保持二十五个，只是增编为满员。
将二十五岁的侄子阿敏控制的三十三个牛录镶蓝旗减编为二十五个满员的牛录。
实际上只有镶蓝旗有大量的牛录被剥夺出来，镶蓝旗的四个牛录转‘交’给莽古尔泰的正蓝旗，二十六个牛录镶红旗和十五个牛录的镶白旗与剩余的四个镶蓝旗牛录，及奴尔哈赤亲自统率的四十五个牛录的正黄旗二十个牛录的镶黄旗共一百一十个牛录合编成新的正黄旗镶黄旗镶红旗镶白旗，每个旗二十五个满员牛录，自己直接统率原正黄旗的十五个牛录。
新的四旗如下，十六岁的儿子阿济格获得原镶黄旗的二十个牛录，与五个镶红旗牛录，组成新的镶黄旗，阿济格任旗主。
九岁的儿子多尔衮获得正黄旗的十五个牛录，十一个镶红旗牛录，组成新的镶红旗，多尔衮任旗主。
七岁的儿子多铎获得正黄旗的十五个牛录，六个镶红旗牛录，四个镶蓝旗牛录，组成新的正黄旗，多铎任旗主。
长孙杜度仍领十五个牛录的镶白旗，与五个镶红旗牛录，新增三个汉牛录，两个朝鲜牛录，汉牛录为炮兵，朝鲜牛录为火铳兵。
总计仍然是二百一十个‘女’真牛录，各旗及亲军隶属一个满员的‘蒙’古牛录，镶白旗新增三个汉牛录，两个朝鲜牛录，各旗不满员的牛录用‘女’真余丁补足，实在不行就用汉人朝鲜人其他各族人补足，‘女’真牛录实际上包括很多‘女’真化的‘蒙’古人，这些人较早投靠了奴尔哈赤，‘女’真化的‘蒙’古人事实上占了四分之一以上的人数。
这次真正受损的只有代善一人。因为旗主并不能真正独领一旗的所有牛录，一般下面还有小一级的将领领有独立牛录，一般其数量很少，只有几个而已。
因此全军有二百一个‘女’真牛录，九个‘蒙’古牛录，三个汉牛录，两个朝鲜牛录，计二百二十四个满员牛录，六万七千余兵力。
同时余丁也是做了重大的改革，把一些各族人主要是汉人编入余丁，使余丁保持三万五千人，便于以后补充兵力，余丁中有两万七千为‘女’真人，五千汉人，一千五百朝鲜人，一千五百各族人。
新的八旗排序如下：正黄旗镶黄旗正红旗镶红旗正蓝旗镶蓝旗正白旗镶白旗，亲军位于八旗之前，并且规定亲军以后由汗位继承人继承。战力也是与排序相当，亲军第一。
八旗旗主同称执政贝勒，代善阿敏莽古尔泰皇太极杜度阿济格多尔衮多铎分别称一二三四五六七八贝勒。
实际上在这些人人中，只有前四个是名副其实的，后面四个实际上每事要听从奴尔哈赤的指示，尤其是后面两个年纪未到二八的，鸟事也不懂，肯定执不了政事。
因此此次奴尔哈赤通过拉拢八旗的中小将领及莽古尔泰杜度一众人稳固了自己在后金国独一无二的权力和地位。
这八个人之中，代善是最有可能继位的，论嫡庶，代善是前太子褚英的胞弟，系嫡子；论长幼，除褚英外，其在奴尔哈赤十五个儿子中年龄最长；论军功，他是诸贝勒中军功第一者；论权势，其是佐政四大贝勒中的大贝勒，位列第一；论实力，他自将先前统领两红旗，仅次于父汗奴尔哈赤，褚英之子杜度也是代善的小跟班。
但是，今年发生的太多事让其失去了一箭定江山的机会，但事情从来都具有两面‘性’，代善作为太子最有竞争力，同样也最容易成为众矢之的。万历四十八年这一年发生了三件事，这三件事对于太子代善而言都是致命的。
最先动摇太子之位的事件是代善与大妃乌拉纳喇氏的暧昧关系被揭发。三月，奴尔哈赤的小妾塔音查告发太祖的第四位大妃乌拉纳喇氏阿巴亥(阿济格多尔衮多铎之母)曾两次备饭送给代善吃，代善受而食之。而且大妃一日两三次差人至大贝勒家，还曾深夜出院二三次。
在审理过程中，诸贝勒大臣又说他们都目睹过大福晋借宴会或议政之时对代善眉目传情，奴尔哈赤对此又恨又恼，但终因其有言在先，‘欲’将诸幼子及大福晋‘交’由大阿哥抚养，而且‘女’真人历来有父死子妻其庶母的收继婚俗，加上又没有确凿的证据证明代善如何不轨，所以奴尔哈赤不好直接治罪于代善，经过此事，代善的威信也一落千丈。
其次，在迁都建筑宅地的过程中，代善的假孝心让奴尔哈赤看清了其‘私’心重的一面。四月间，后金国准备从界藩城迁居萨尔浒城，奴尔哈赤即视察并指定各贝勒兴建府邸的宅地。代善看到其长子岳托修整好的宅地比自己的好，而奴尔哈赤的宅地比自己的狭小，就提出因自己所整修之住地较汗所整修之地宽且佳，请汗住自己的宅地。
奴尔哈赤答应后，代善就先后让莽古尔泰和阿敏为自己请命说自己所居之地狭小，意‘欲’霸占岳托的宅地。
最后，奴尔哈赤决定我仍居我整修之地。既然以为尔所整修之地优佳，尔可携诸幼子于该优佳之地装修居住。经过此事，代善在奴尔哈赤心目中的地位如何应可想而知
不久，又发生了代善虐待前妻之子岳托和硕托之事，而此事最后演变成了代善太子之位被废的导火索。九月初三日，代善次子硕托等突然失踪，有人说其叛逃投明朝而去。在还未确定硕托是否叛逃时，代善即一口咬定硕托有叛逃之心；而在找到硕托并且其本人明确表示并没有逃走后，代善还是固执己见，向奴尔哈赤跪下五六次请求斩杀硕托。代善的要求理所当然地遭到了拒绝，相反，奴尔哈赤释放了硕托。
此事并未因此结束，奴尔哈赤由此开始调查代善给予两个前妻之子的待遇问题。
在这一点上，代善确实心里有鬼，所以当奴尔哈赤亲自询问代善给予硕托部民资产的情况时，代善不敢正面回答，反而说硕托与自己的小妾通‘奸’。