面对奴尔哈赤的挑战，明朝举国上下无不震惊。抚顺失陷的消息由辽东巡抚李维翰、蓟辽总督汪可受最先奏报明廷。
四月十五ri当天明万历皇帝就知道了。他发了如下圣旨：”狡虏计陷边城，一切防剿事宜行该地方官相机处置，军饷着上紧给发，其调兵应援，该部便酌议具奏。”
据兵部尚书薛三才的请饷奏疏中反映户部应发的额饷自去年秋天到本年夏天计五十余万，即不能尽发，亦须先给一半，以救燃眉之急。至于调兵，他说已发令调蓟镇、保定、天津等兵丁六千五百名，但更多的调不来，最好的办法是大发帑金，听抚镇自募。
而万历皇帝明确回答他内帑空虚，所缺饷银着户部尽力措处而已。到了二十一ri张承胤率师救抚顺，一军皆没，明朝的紧张程度又有所加剧。
二十七ri，署兵部尚书薛三才报告了这一消息，引起举朝震骇。万历皇帝痛心疾首，并焦虑地表示：”辽左覆军陨将，虏势益张，边事十分危急。
尔部便会推堪任总兵官一员，令克期到任，料理军务，一切防御驱剿事宜，着督抚等官，便宜调度，务期殄灭，以奠封疆，其征兵转饷等事，即遵旨会议具奏。”
薛三才奉圣旨召集各官会议，一致认识到，奴尔哈赤不但自己兴兵来攻，还有蒙古各部与之联合，结论是转饷征兵，时刻难缓。
目下已在辽东进行募兵，加上关内先此招募者，总计或可得三万余人，如再进一步起用废弃家丁，亦可得数千人。
抚顺会战以后，特别是经过清河会战，朝廷很注意兵员数量了，当时已知后金有正规兵力六七万。
而明朝辽东全镇才有兵力六万，除去城堡驿站之役，能机动作战的兵力才二万余，提出调兵之后可从各边调一万六千，辽东再招募新兵二万。
武将关心军饷征兵，文臣也觉不可置国家安危于不顾。首辅方从哲就奴尔哈赤的进攻，所陈目前时务最为迫切的是要求补充缺官。
方从哲说军国重事，断非病夫绵力所能担当。指出所有阁臣大僚至科道缺官，一切当补。
管山海关主事邹之易更加忧虑ri益强大的后金与西北的蒙古结合，sāo然并驰，全辽岂为我有？他认为当今要务在于急补将领，发饷议援。
邹之易本人提出一个三路分兵进攻的方案，实际上构成了后来萨尔浒会战时明军的作战蓝图。
万历皇帝再次申明，虽然听说奴尔哈赤暂时退出边墙之外，鉴于其狡谋叵测，沿边将士尤当十分戒备，以防再逞。
闰四月初三ri蓟辽总督汪可受到了山海关，当天得报，奴尔哈赤与蒙古互相配合，出入辽沈地区，公然扰乱。
初九ri刑科给事中姚若水进一步提出守山海、蓟门的建议：山海、蓟门去京才数百里，不可无重兵守御。间如黄土岭、一片石等处，尤当严为防护。
姚若水献策召集往年东征留下来的余兵，利用其善骑shè的长处，让他们冲锋陷阵。再于旅顺汪家口等地派驻舟师，与镇江、宽甸兵合，使奴尔哈赤陷于腹背受敌的困境，以守则固，以战则克，不愁不灭。
在一片紧张备战的气氛中，朝廷决定设立山海关镇，时奴酋犯顺，议者谓宜简大帅据关扼险，分割蓟镇东协四路属山海关为一镇。
山海关镇以六千兵，分左右二营，左营由游击吴自勉充本镇中军兼管山海路事，右营仍驻四路之中，与东协台头营相为犄角，与蓟镇划地分管。
有人主张加强京城内的防守，唯恐奴尔哈赤所派的jiān细乘机混进宫禁。
万历皇帝还允准兵部悬赏：有能擒斩奴尔哈赤者赏银一万两，仍予世职，可晋升为都指挥使；擒斩其余八大总管、十二亲伯叔弟侄及有名头目等，都从厚从优升赏，分别给予卫指挥使、卫指挥使同知、卫指挥佥事、正千户；被虏如李永芳等，投虏如佟养xing等，若能俘献奴尔哈赤，俱得免死，可酌情升赏。
受到震动最大的是辽东地区，为了添补空缺，朝廷重新起用了废将李如柏为镇守辽东总兵官、征虏将军，又征调废将杜松屯山海关，刘綎、柴国柱赴京候用。
闰四月初一ri，河南道御史熊化上奏反映，辽阳望援至急，建议蓟辽总督汪可受移驻广宁，巡抚李维翰移驻辽阳，与李如柏协力拒守。
与此同时，顺天巡抚和保定总兵则移驻山海关，保定巡抚移驻易州，相为接应，以护近郊。
明朝统治者对辽东地方则把希望寄托于辽东经略身上，而这个人选于四月二ri落到了辽东旧巡抚杨镐名下，起升他为兵部左侍郎兼右佥都御史经略辽东。六月，李维翰被罢职以后，杨镐又兼辽东巡抚。
万历皇帝谕令杜松、刘綎等都催他星驰出关，以备调遣，给了太仆寺金六万两，买战马。又任命御史陈王庭巡按辽东兼监军事。
八月，新设辽东饷司于广宁，管理东征粮饷。
此时，后金军入鸦鹘关，攻下了清河城，副将邹储贤等战死，辽东地区更加不安，而杜松等尚未出关，调各镇兵马也多数未启程。
万历皇帝特赐杨镐尚方剑，总兵以下不用命者，得以军法从事，听说叆阳、宽甸群众望风奔逃，因叆阳千总陈大道等擅离职守，即斩首以徇。
重开辽东海运，自山东至盖州并娘娘宫，再转陆运至广宁、辽阳。作了如此部署，朝野人士仍然担心辽东局面难以应付。
正如朝鲜使者所通报的那样，奴尔哈赤还要进攻辽阳、广宁，直抵关门，而明朝统治者忐忑不安的也莫过于此虏深入之念，时刻不忘。
对于辽东战事，朝廷在困难的情况下，仍然想尽办法解决军饷粮草装备。
五月二十四ri，总督仓场户部尚书张问达奏言：今仓储空虚，京仓每年支放为二百三十余石，现在仓之粮为五百八十六万一千五百余石，仅有二年之积。
通州仓每年支放七十二万余石，现在仓之粮为三十六万五千八百余石，不过半年之储。
所在皆入不敷出，平时已不可支，若有急需更难济事。额之亏，皆由於积弊ri久；用之不足，则由於弊之未清。
五月二十九ri，户科给事中官应震奏：太仓之积，初年尚称充足。
自征播州杨应龙、征东抗倭、征宁夏哱拜三大役费银多达一千二百余万两之后，渐告空虚。
近来又因皇太后李氏逝世、福王赴封地、瑞、惠、桂三王婚礼等共费银至七十余万两。
太仓每年所入止三百七十余万两，正额原以供边饷，而今诸费皆取於此，加以灾伤减免救济，太仓岂能不匮！
六月初八ri，因军饷缺乏，外解之银不至，户部商议向工部、太仆寺各借现银五十万两，以济九边军需。
工部、太仆寺各以库贮无几为由，拒绝借给。万历皇帝令工部与太仆寺各借给二十万两应用，其余陆续给发。
六月二十一ri，户部尚书李汝华说：太仓每年收入三百八十九万两，支出边饷三百八十一万两，其余库局内外等用又约四十万两，出大於入。
以内供而言，万历六年进过大工舖宫各库监局钱粮共计八十七万六千三百七十五两。
二十七年至三十年共进过诸王册立分封冠婚典礼各钱粮共二百五十五万七千二百四十七两，几乎为一年之收入。
再以边饷论之，九边十三镇边饷，隆庆间每年共为二百三十九万左右，今增至现银计三百八十一万九千零二十九两。
加以各省直奏留赈济灾民，仃征减免，太仓亏额尤不堪言。
六月户部奏：辽东兵饷，经议需用银三百万两。今内库已发一百万两、南京户、工二部五十万两、太仆寺及水衡八十万两，总计二百三十万两。
但因此中未解者尚多，而数月以来调兵辽东安家诸费已达五十三万余两。
以前科臣曾建议用俊秀监生捐官纳钱，此办法在山东救荒时曾经实行过；再用裁减衙门役夫工食之半，此在以往东征抗倭时亦一度实行过，请依故事予以允行。万历皇帝下诏从其议。
八月十一ri，户部议改折南京仓粮充边饷，已报行。而南京户部则只同意以今年仓粮之半改折济边，另一半留给军士。
户部说：万历三十五年南粮，今始动支，则实有九年之积，改折二年何损，万历皇帝命下会议，至同年十月十七ri经会议定改折南京仓粮一年助边。
明朝初期曾行海运，通饷辽东，后一度停止，至万历四十六年八月，以辽东形势ri趋危急，兵饷缺乏，又议开海运饷辽。
当时议行登、莱海运，山东巡抚李长庚说：自登州望铁山西北口至羊头凹，历中岛、长行岛抵北信口，又历兔儿岛至深井，至盖州，剥运一百二十里，至娘娘宫登陆，至广宁一百八十里，至辽阳一百六十里，每石所费不过银一两。
户部会议以为便，万历皇帝於该月十六ri下诏行之。
九月二十三ri，万历皇帝命令户部发银二十万两，慰劳辽东前线吏卒。
万历四十六年十二月二十五ri，兵部员外郎董承诏认为明军在辽东的战事有六个困难：
一、将多而难调。
二、兵弱而难用。
三、饷久而难继。
四、后金狡猾而难制。
五、地险而难攻。
六、助寡而难恃。
其中将多而难调，从历史上看可以唐代九节度的军队溃败於相州为证。时人咸以为董承诏所论至为切中要害。
但是董承诏也没有提出什么解决问题的具体办法，何况马上就要进行一场决定xing的会战，军队的这些改革也非数个月可以达成目标的，而万历皇帝也置之不理。
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